Наруто Узумаки, вопреки ожиданиям Акацук и на радость жителям деревни все-таки побеждает Нагато, и не просто побеждает, но и путем его силы убеждения погибшие жители деревни возвращаются к жизни. Шизуне, Какаши и все остальные, кто был убит в результате этой битвы - вновь встают на ноги и продолжают жить. В деревне, казалось бы, праздник, - но как бы не так! Тсунаде-обаачан так и не очнулась, и этим шансом поспешил воспользоваться Данзо. Естественно, он был принят на должность нового Хокаге, чем весьма подпортил настроение жителям деревни. А им, кстати, не было времени до празднеств - предстояло отстроить целую деревню.
Все было бы просто замечательно, если бы это были все проблемы. К сожалению, кол-во врагов нашего героя-джунчуурики и всех остальных шиноби не ограничивалось лишь шестью телами Пейна, их обладателем и Конан.
Предатель Деревни Скрытого Листа, последний потомок клана Учиха и его команда Хеби (состоявшая, кстати, из Карин, Суйгецу и Джууго) направлялись прямо к деревне по заданию Акацук. А задание, собственно говоря, состояло из поимки Узумаки Наруто, так нужного организации.

Все пять Каге деревень собирались собраться вместе, чтобы обсудить проблему нападения Акацук и в частности Учихи Саске. Но в конце концов встреча была отменена, а отменена она была лишь из-за одной причины. Ночью в Суне было совершено нападение. Как это произошло, было непонятно. Точнее, рассказать об этом было не кому, - все, кто подверглись нападению, были убиты еще до того, как подоспела помощь. Само нападение было около границы Суны, в небольшом поселении, которое должно было хорошо охраняться. Но шиноби, охраняющие этот пункт, не были обнаружены ни среди убитых, ни в других деревнях. Экспертам тоже ничего не удалось выяснить - при подходе к ближайшему дому в деревне, сработал особый взрывной свиток, и вся деревня была взорвана, вместе с несколькими членами эксперт-группы. После некоторых анализов останков жителей деревни, смогли лишь заключить, что некоторые были убиты неизвестным ядом, состав которого так и не удалось узнать, а кто-то - путем вонзания в жертву холодного оружия. Нападение было совершено ночью, когда многие спали. Сигнал о нападение охрана (а была ли она там?) дать не успела. Кто совершил это жестокое убийство, шиноби-предатель Суны или какие другие сильные ниндзя, было неизвестно, но решили считать, что это была какая-то вражеская организация, в частности - Акацуки.

Вскоре весть о нападении на Суну донеслась и до самих Акацук, которые, в сущности, были не причем. В их планы совершенно не входили какие-либо действия против Суны (во всяком случае, пока не входили), и им было незачем совершать это массовое убийство. Планами Акацук на данный момент было нападение на Коноху, захват джунчуурики и убийство правительства. Теперь же перед ними стояли две проблемы: новый Хокаге и неизвестная организация, о которой они ничего не знали, и которая могла помешать им.

В то же время в Конохе, еще слабой, после сражения с Пейном, так же произошло нападение. Исчезло несколько шиноби из группы охраны границы, а несколько человек было убито, при чем тем же ядом, использованным неизвестными в Суне. Было ясно, что за этим стоит один и тот же человек (или одна группировка), информацией о которых еще никто не располагал. Именно поэтому жители деревни, только что оправившиеся от сражения с Нагато и Конан, обвинили в произошедшем нового Хокаге - мол, виноват, не углядел. Тем более, что ему не доверяли. Самому Данзо не понравилось такое, и он решил принять более серьезные меры по контролю деревни...

Через несколько дней опять произошли убийства в других деревнях, при чем на этот раз охране удалось увидеть преступников и сбежать. Было ясно, что за всеми преступлениями стоит небольшая группа шиноби, использовавшая в своих целях различное оружие и яд, который с помощью шприцов вводили в кровь жертв, из-за чего они погибали на месте. Остальное охрана увидеть не смогла, и куда деваются некоторые жертвы нападения - тоже.

Именно поэтому было отменено Собрание Пяти Каге, во всех деревнях объявили экстренное положение, на границе усилили охрану.

Акацуки получают сообщение от некой "Группы Освобождения", которые настоятельно просят их о встрече, заявляя, что "Вам будет выгодно то, что мы хотим вам предложить. В случае же отказа, мы откроем ваше местонахождение, даже если вы успеете поменять вашу базу. Мы все равно сможем вас найти, у нас есть способы". Мадара не воспринял угрозу всерьез, но предложение его немного заинтересовало, тем более, что если об этой организации (а это, несомненно, были те же самые преступники, совершившие массовые нападения в деревнях) говорят правду, то им будет выгодно сотрудничество с ними. А там, дальше, можно посмотреть, как их использовать.

Выяснилось, что главной целью Группы Освобождения - было вызволение заключенных в деревнях шиноби, которые по некоторым справкам были известные преступники и ученые, производившие опасные опыты. Саме же Группа Освобождения состояла так же из исследователей и ученых, которые с помощью угрозы уничтожения деревень особой жидкостью, над которой они в данный момент работали, собирались освободить своих бывших товарищей. Нападение на деревни - были всего лишь опыты, эксперементы, с помощью которых они хотели убедиться в пригодности их изобретений (то есть ядов).
Но Группа Освобождения считала, что им нужен сильный союзник, который помог бы им пробраться в Коноху и заставить (или самим) освободить нужных им людей. Взамен они пообещали и в дальнейшем сотрудничать с Акацуками, уверяя их, что смогут возродить их погибших товарищей, и не только.

До образования непосредственно организации под названием "Группа Освобождения", большинство ее участников и нынешных заключенных в особых отделах "Корня" Конохи были простыми учеными-шиноби, участниками многочисленных запрещенных опытов и эксперементов. Там в основном были ниндзя-отступники, чьей любви к открытиям, медицине и новым разработкам не признали в их родных деревнях. По началу все это проводилось секретно, но вскоре один из участников, вступив в сговор с Данзо, предал ученых, и большинство из них успели схватить, остальным же удалось скрыться. Многие из их изобретений и результатов многочисленных опытов АНБУ присвоили себе, а пойманных ученых убивать не стали, оставили.
Но те, кому удалось скрыться, не перестали заниматься любимым делом. Они продолжали эксперементировать, даже внедрять в самих себя новые разработки. Они дошли до того, что изобрели несколько ядов, способных умерщвлять жертв на месте (яд мгновенно сгущал кровь, при  чем тут же испарялся из кожи). Вскоре до них донеслись слухи, что в секретных лабораториях Конохи, где держат их друзей, идет разработка некоторых ядов. Заинтересовавшись, в них,  они образовали Группу Освобождения. Испробовав свою силу на практике, напав на Суну и другие страны, Группа собиралась связаться с сильным союзником. Естественно, особо помогать им они совершенно не собирались. Но ведь и Акацуки им не доверяли.